北京大学医药卫生分析中心蛋白质组学实验室是医学部“创建世界一流大学计划”投资建设的新技术平台， “十一五规划”中实施科教兴国战略和人才强国战略将“蛋白质科学研究设施”明确列为重大科技基础设施之一。该实验室的建立将为医学部基础和临床各学科攀登21世纪生命科学前沿，以及学校和兄弟院所开展重大疾病相关蛋白质组学研究提供必要的技术支撑。

    实验室于2003年正式成立，拥有一支素质优良的科研队伍和国际上一流的蛋白质组实验设备，包括 Waters公司电喷雾四极杆-飞行时间串联质谱仪（Waters Q-Tof Ultima Global）、Waters和岛津公司基质辅助激光解析-电离飞行时间质谱仪（Waters MALDI micro MX^TM MALDI-TOF-MS 和 SHIMADZU AXIMA-CFR^TM Plus MALDI-TOF-MS ）、Bio-Rad 公司双向凝胶电泳仪、岛津公司全自动蛋白质/多肽测序仪等等。

    本实验室面向蛋白质及相关学科课题组和科研工作者提供样品测试服务，目前，在高质量完成本校和来自全国各地的样品分析测试的同时，还承担了大量蛋白质组学方面的合作研究课题，并在开展国际合作交流和人员技术培训方面亦见成效。